中心技术委员会。中心根据发展规划与目标，选聘行业内知名专家、领军人才担任技术委员会成员。中心技术委员会由铁路与轨道交通、磁浮领域国内外知名专家构成，为中心协同创新研究和产业化技术预测、技术发展战略和未来发展路径选择等方面提供指导，为中心日常研发工作把关，审定技术路线、研究方案，以及研发过程中的技术指导和提升等。

中心主任负责制。中心日常运行由主任负责组织，学校通过校长办公会、务虚会以及专题会等形式来协调和支持中心建设和运营。中心建立例行“主任工作会议”制度，设立中心主任1名、副主任3名，3名副主任分别来自铁道与城市轨道交通研究院、磁浮交通工程技术研究中心、交通运输学院，以更好地融合与协调学校大交通学科的科研与教学资源，会同协同单位开展协同创新工作。主任工作会议为每季度第一个月初定期召开，检查中心各项工作开展，并研究部署中心下阶段工作。

组织管理体系。建立由主体单位和协同单位在每个协同创新方向各设1名首席研究员的“双首席”组织管理机制，共同开展科学研究、共同指导研究生。

规章制度体系。以学校的管理和制度体系为基础，中心从依托学校、执行学院两级建立了行政、人事、财务、科研等4大类通用管理制度，以及适应协同创新要求的差异化制度；财务单独核算与执行。

 内外一体的协同创新机制。中心聚焦长三角区域一体化和上海新城建设，以交通学院为主体，联合土木学院、电子信息学院、建筑与城规学院、机械学院、软件学院等多学科，会同外部协同单位构建10个核心协同创新方向，协同行业运营服务、规划设计、车辆装备、信息控制装备等19家优势企业院所及100余家国内外行业企业和机构，开展运营协同、装备研发、韧性安全等领域“产学研用”协同创新，构建内外一体的协同创新机制，形成关键技术攻关，技术研发、工程项目应用和运营维护相互推动，协同、循环、递进的运行模式。