中心日常管理制度：

中心建有行政管理、人事管理、财务管理、科研管理等4大类工作制度和6项日常工作制度。

行政管理制度：

主要规范中心日常运行的各类工作制度，包括档案、设备、对外交流以及教学等工作。目前制定了《磁浮与轨道交通运行控制系统产学研合作开发中心组织机构与管理运行规章制度》，拟定中的制度还有档案管理制度、实验室管理制度、试验设备和实验室共享规定等。

人事管理制度：

主要规范中心人员的聘任、工作量核算及绩效考核办法、考评、国际交流、访问学者、人才激励等工作。目前试行的管理办法有2项，《磁浮与轨道交通运行控制系统产学研合作开发中心人事聘用管理暂行办法》和《磁浮与轨道交通运行控制系统产学研合作开发中心考评与激励暂行规定》。

财务管理制度：

主要规范中心运行过程中的财务行为，包括资金使用、预算执行、日常报销等工作。目前已经制定并试行的制度1项，《磁浮与轨道交通运行控制系统产学研合作开发中心财务管理暂行规定》。

科研管理制度：

主要规范中心各类科研工作的组织实施、科研经费、科研成果管理工作。目前制度试行了2项，《磁浮与轨道交通运行控制产学研合作开发中心科研项目协同实施暂行办法》和《磁浮与轨道交通运行控制产学研合作开发中心横向课题经费使用审签流程》。结合中心运行在拟定中的管理制度还有科研经费管理办法、科研成果管理办法和技术秘密管理办法等。

中心结合依托单位办公会和党政联席会议，建立办公例会制度，相关工作经集体讨论形成会议纪要并敦促执行。为提高工作效率，中心制度的各项规章制度经中心办公会讨论通过后执行。